اما مقام معظم رهبری همچون گذشته که اختلاف دولت و مجلس بر سر تصویب لایحه برنامه پنجم را با سرانگشت تدبیر خود حل کردند، اینبار نیز دولت و مجلس را به تعامل با یکدیگر فراخواندند. ورود ایشان به این ماجرا با درخواست رئیس مجلس انجام شد. علی لاریجانی و محمد حسن ابوترابی‎فرد در قالب دیدارهای همیشگی سران قوا با ایشان این موضوع را مطرح کرده و رهبری بر لزوم اداره کشور بر اساس برنامه تاکید نمودند. پس از آن در آخرین هفته شهریورماه دیدار مشترک دیگری میان ایشان با اعضای هیات رئیسه تلفیق، رئیس‏جمهور و برخی معاونان و وزرای وی برگزار شد.

به گفته جعفر قادری عضو کمیسیون تلفیق، بر اساس گزارشی که محمدرضا باهنر رئیس این کمیسیون از دیدار مذکور ارائه داده است، رهبری در این نشست ضمن گله از استرداد لایحه از سوی دولت و ناپخته خواندن این اقدام، از مجلس نیز خواسته شد بر شاخص های کلی برنامه متمرکز شود. ایشان از دولت خواستند تا در این رابطه با مجلس همکاری و تعامل داشته باشد و اگر ایرادی را مد نظر دارد در پی حل ایرادات از راه تعامل و قانون باشد تا لایحه هر چه زودتر به تصویب نهایی برسد.

به این ترتیب دولت تقاضای استرداد لایحه برنامه پنجم را پس گرفت تا با از سرگیری دوباره جلسات کمیسیون تلفیق، جلسات کمیته شش نفره مشترک دولت و مجلس نیز به منظور دستیابی به تعاملی دو جانبه ادامه یابد. البته کمیسیون تلفیق باید در این راه در چارچوب آیین‎نامه داخلی مجلس عمل کند. به عبارت دیگر نقض مصوبات پیشین این کمیسیون ولو اینکه مورد تایید دولت نباشد، میسر نخواهد بود مگر با رای سه چهارم اعضای این کمیسیون.

در حال حاضر قریب به 20 ماده از لایحه برنامه پنجم باقی مانده و به گفته مخبر کمیسیون تلفیق از میان 174 ماده مصوب، 22 ماده بدون تغییر بوده ، 98 ماده با تغییرات جزیی همراه شده ،52 ماده با اصلاحات کلی تصویب و24 ماده هم که حکم جدیدی نداشته حذف شده است.